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科尔沁部：位于漠南东部，与后金（女真）接壤，早期与林丹汗有联盟关系，但因后金的拉拢和军事压力，逐渐倒向后金，成为林丹汗的敌对势力。
土默特部：分布在今内蒙古呼和浩特一带，首领俺答汗曾强盛一时，但此时已衰落，受林丹汗和后金的双重影响，后期部分归附后金。
? 鄂尔多斯部：位于河套地区，相对独立，与林丹汗保持名义上的臣属关系，但实际自主性较强，后期也被后金征服。
二、漠北蒙古（今外蒙古一带，又称喀尔喀蒙古）
与漠南蒙古有血缘联系，但地理上相对隔绝，主要分为三大部落：
? 土谢图汗部：漠北最强部落，位于中部，首领称“土谢图汗”，与林丹汗同属黄金家族，但因距离较远，关系松散，主要关注自身在漠北的利益。
? 车臣汗部：位于东部，靠近漠南和女真地区，与漠南蒙古有贸易和军事往来，但对林丹汗的号令并不完全服从。
? 札萨克图汗部：位于西部，与漠西蒙古相邻，长期与土谢图汗部存在矛盾，内部纷争较多，对林丹汗的统一企图持观望态度。
整体情况：漠北蒙古以三大汗部为核心，形成松散的联盟，名义上尊奉蒙古大汗（林丹汗），但实际独立统治，与林丹汗的联系主要通过宗教和血缘维系，未直接参与其与后金的战争。
三、漠西蒙古（今新疆及中亚一带，又称卫拉特蒙古）
由多个部落组成，与漠南、漠北蒙古文化和血缘差异较大，主要包括：
? 准噶尔部：位于天山北路，后期逐渐强盛，成为漠西蒙古的核心，但此时尚在发展阶段，与林丹汗几乎无直接联系。
? 和硕特部：分布在今新疆乌鲁木齐至青海一带，首领顾实汗 later 建立和硕特汗国，此时与林丹汗无交集。
? 杜尔伯特部：位于准噶尔部以东，游牧于阿尔泰山南麓，相对弱小，主要关注内部事务。
? 土尔扈特部：原居塔尔巴哈台一带，后因准噶尔部崛起西迁伏尔加河流域，与蒙古核心区域脱离。
整体情况：漠西蒙古与林丹汗统治的漠南蒙古相距遥远，且长期处于独立发展状态，未受其直接控制，双方几乎无政治或军事互动。
